Ich würde ja immer noch tab-getrennte .txt verwenden. Noch nie Probleme mit gehabt.
Nur drauf achten das keine verstecken Spalten in der Excel Tabelle sind.

eigenartigerweise scheint es ein indesign-bug gewesen zu sein. als ich dieselbe tabelle in ein neuangelegtes dokument eingepflegt habe gings auf einmal.